Достоєвський у своєму романі зображує зіткнення теорії з логікою життя. На думку письменника, ця сама логіка життя завжди спростовує, робить неспроможною будь-яку теорію, і передову, і саму злочинну. Тобто життя не може проходити теорії. І тому головна філософська думка роману розкривається не в системі логічних доказів і спростувань, а як зіткнення людини (тобто Раскольникова), одержимого теорією, з життєвими процесами, що спростовують цю теорію.
Теорія Раскольникова про можливості стояти над людьми («Хто я: Наполеон або тварь тремтяча?»), зневажаючи всі закони, побудована у своїй основі на нерівності людей, на вибраності одних і приниженні інших (треба відзначити, що тема «принижених і ображених» пройшла через всю творчість Ф. М. Достоєвського і навіть один з романів носить назву «Принижені і ображені»). Вбивство старої лихварки було задумано Раськольниковим як життєва перевірка своєї теорії на приватному прикладі. Злочин, який він скоїв, — це низька і підлу справу.
Разумихин, Дуня, Порфирій Петрович, а більше всіх Соня Мармеладова — всі вони підштовхують Раскольникова до думки про неправильності, антигуманності його теорії. Але найбільш значну роль у розвінчанні «наполеонівської» теорії Раскольникова відіграла, звичайно ж, Соня Мармеладова.
Раскольников був першою людиною, яка поставилася до Соні зі справжнім співчуттям, прийняв її як «пристойну» панночку, посадив поруч зі своїми рідними. Тому й не дивна та пристрасна вірність, якою відповіла йому Соня. Вона не розуміла, чим може бути цікава для такої людини, як Раскольников. Їй, звичайно ж, не приходило в голову, що Розкольників бачить в ній майже такого ж злочинця, як і він сам: обидва вони, на його думку, вбивці; тільки якщо він убив стару-лихварку, то вона вчинила, може бути, навіть більш страшний злочин — вбила сама себе і тим самим прирекла себе на самотність серед людей.
Саме в розмовах з Сонею Раскольников починає сумніватися у своїй теорії. Йому хочеться отримати відповідь на твердження, можна жити, не звертаючи уваги на страждання, муки і загибель інших.
Розкольників скоїв злочин свідомо, що найбільш страшно, знехтувавши свою людську натуру. Убивши стару лихварку, Розкольників перевів себе в розряд людей, до якого не належать ні «квартальні поручики», ні Разумихин, ні сестра, ні мати, ні Соня. Він відрізав себе від людей «як ніби ножицями». Його людська натура не приймає цього відчуження від людей. Раскольников починає розуміти, що навіть така горда людина, як він, не може жити без спілкування з людьми. Тому його душевна боротьба стає все напруженішою і заплутаніше, вона йде по безлічі напрямків, і кожне з них приводить в глухий кут. Розкольників поки як і раніше вірить у непогрішність своєї ідеї, зневажає себе за слабкість, раз у раз називає себе негідником. Але в той же час він страждає від неможливості спілкування з матір’ю і сестрою, думати про них так само болісно, як думати про вбивство Лизаветы. І він намагається не думати, тому що якщо він почне про них думати, то неодмінно повинен буде вирішити питання, куди ж їх віднести по своїй теорії — до якого розряду людей. По логіці його теорії вони повинні бути віднесені до «нижчого розряду», до «тварям тремтячим», і, отже, сокира іншого «незвичайного» людини може обрушитися на їхні голови, а також на голови Соні і Катерини Іванівни. Розкольників, по своїй теорії, повинен відступитися від тих, за кого страждає, повинен зневажати, ненавидіти тих, кого любить. «Мати, сестра, як люблю я їх! Чому тепер я їх ненавиджу? Так, я їх ненавиджу, фізично ненавиджу, біля себе не можу виносити…» У цьому монолозі дійсно виявляється весь жах його становища: його людська натура тут найбільш гостро зіткнулася з його нелюдською теорією. Відразу після цього монологу Достоєвський дає сон Раскольникова: той знову убиває бабу, а вона сміється над ним. Ця сцена оголює весь жах діяння Раскольникова. Нарешті, Розкольників не витримує і відкривається Соні Мармеладовой. Відбувається зіткнення їх ідей, кожен з них уперто стоїть на своєму: Розкольників стверджує, що справжній чоловік має право ігнорувати моральні підвалини суспільства; Соня ж не менш наполегливо стверджує, що немає такого права. Його теорія приводить її в жах, хоча з самого початку вона була охоплена гарячим співчуттям до нього. Розкольників, страждаючи сам і змушуючи страждати Соню, все ж сподівається, що вона запропонує йому який-небудь інший шлях, а не явку з повинною. «Соня ж являла собою невблаганний вирок, рішення без зміни. Тут — або її дорога, або його». Раскольніков йде з повинною.
Слідчий Порфирій Петрович свідомо намагається якомога болючіше зачепити совість Раскольникова, змусити його мучитися, вислуховуючи відверті й різкі судження про аморальність злочину, якими б цілями воно не обґрунтовувалося. Порфирій Петрович побачив, що перед ним не ординарний вбивця, а один з тих, хто заперечує підвалини сучасного суспільства і вважає себе вправі хоча б поодинці оголосити цьому суспільству війну. До особистості Раскольникова, до його теорії та злочину Порфирій Петрович відноситься зовсім виразно, — незважаючи на необхідність весь час хитрувати, він одного разу висловився прямо: «…вбив, та за чесну людину себе шанує, людей зневажає, блідим ангелом ходить…» Проте при різких судженнях про Раскольникове Порфирій Петрович прекрасно розуміє, що перед ним зовсім не кримінальник, позарившийся на чуже майно. Найстрашніше для суспільства полягає саме в тому, що злочинець керується теорією, спонукуваний свідомим протестом, а не низинними інстинктами: «Ще добре, що ви стареньку тільки вбили, а вигадай ви іншу теорію, так, мабуть, ще й у сто мільйонів разів безобразнее справу зробили!»
Розкольників був засланий у Сибір. Вирок, проте ж, виявився милостивее, ніж можна було очікувати, судячи з вчиненого злочину, і, може бути, саме тому, що він не тільки не хотів виправдовуватися, але навіть як би виявив бажання сам ще більш звинуватити себе.
Завдання Ф. М. Достоєвського полягала в тому, щоб показати, яку владу над людиною може мати ідея, і якою страшною буває сама ідея. Ідея героя про право обраних на злочин виявляється абсурдною і помилковою. Життя перемогла теорію, хоча Розкольників соромився того, що він, Раскольников, загинув так безглуздо, по якомусь вироком сліпої долі, і повинен змиритися, підкоритися «нісенітниці» безглуздого вироку, якщо хоче скільки-небудь заспокоїти себе.