Система образів. Внаслідок того, що роман складається з двох частин, в ньому два головних героя: Майстер і Ієшуа. Вони є героями-двійниками. Відповідно двійниками є і багато другорядні персонажі. Так, Іван Бездомний і Левій Матвій є послідовниками своїх вчителів, Алоізій Могорич і Юда з Кириафа — їх зрадниками.
Майстер пише роман про Ієшуа і Понтія Пілата. Своїм романом він стверджує думку про те, що боротьба добра зі злом-вічна. Для нього не страшний князь темряви, бо Майстер не вірить ні в темні, ні в світлі сили. Для нього існує віра в самого Людини і незмінні моральні закони. Майстер йде з земного життя, але знаходить спокій. Однак справжньою нагородою для нього є самовіддана любов Маргарити. Доля Майстра багато в чому повторює долю Булгакова. І в Олені Сергіївні можна помітити риси Маргарити.
Любов Майстра і Маргарити руйнується при зіткненні з зовнішнім світом і відновлюється з допомогою потойбічних сил. Маргарита встає на шлях самовіддачі, жертвуючи собою заради коханої людини. Вона віддає перевагу Майстри своєї багатої, безтурботного життя в будинку чоловіка, потім приносить себе в жертву в ім’я любові, ставши відьмою заради того, щоб дізнатися щось про Майстра.
Понтій Пілат собі і людям здається людиною могутнім. Але проникливість Ієшуа вражає прокуратора. Самовдоволення намісника, його право розпоряджатися всім поставлено під сумнів. Прокуратор вирішує долю Ієшуа. Але в дійсності знаходить справжню свободу Ієшуа, а не Понтій Пілат, який виявився заручником власної посади, кар’єри, совісті.
Ієшуа нічого не боїться, володіє неймовірною силою духу. Його життєва філософія укладена в словах, які за своїм змістом і значенням актуальні у всі часи. Вільний в думках і чистий душею, Ієшуа говорить: «Злих людей немає»; «усяка влада — насильство над людьми»; «настане час, коли не буде ні кесарей, ні іншої влади. Людина перейде в царство істини».
Воланд зі своєю свитою приїжджає в Москву, щоб подивитися, наскільки змінилися люди, не даремна була жертва Ієшуа. На виставі у театрі «Вар’єте» він бачить, що люди не змінилися: «Люди як люди, квартирне питання тільки зіпсувало їх». Доноси, жадібність, хабарництво москвичів мало чим відрізняють їх від жителів Ершалаима. Воланд — то зло, без якого не може існувати рівновага і справедливість у світі. Це суд вічності, воздающий кожному по заслугах. Майстер як і його герой Ієшуа Га-Ноцрі виправдані цим судом.
Зображення Москви 30-х років дано письменником надзвичайно яскраво. З іронією, а часом і гротеском представлений Булгаковим літературний союз МАСОЛІТ, в описі якого легко можна дізнатися РАПП (російська асоціація пролетарських письменників) того часу. Літературне середовище постає в зображенні Булгакова вельми непривабливо. Письменники стурбовані не стільки творчими проблемами, скільки побутовими: дачними, продовольчими та ін. Серед зображених Булгаковим письменників жоден не зайнятий безпосередньо творчістю. І за всі ці гріхи, за безвір’я розплачується Берліоз, який стояв на чолі літературного товариства.