Велика чисельність і широке поширення характеризують одноклітинних тварин, що грають значну роль в природі. Свободноживущие найпростіші займають важливе місце в кругообігу речовин у біосфері. Водні найпростіші складають основну частину планктону, використовуються в їжу більш великими тваринами. Багато, харчуючись завислими органічними частками і бактеріями, відіграють істотну роль у біологічному очищенні вод. Найпростіші беруть участь у процесах ґрунтоутворення. Морські саркодовые зіграли дуже важливу роль в утворенні осадових порід: багато вапняки складаються значною мірою з черепашок форамініфер. З скелетів лучевиков на дні океану утворюється радиоляриевый іл, з якого з часом формуються кремнеземні гірські породи. Окремі види викопних форамініфер властиві геологічних епох і періодів, що допомагає визначати вік відкладень і приналежність даного шару до тій чи іншій геологічній системі. Таким чином, залишки форамініфер служать керівними копалинами при визначенні віку осадових порід. Геологи широко використовують це при пошуках корисних копалин.
Велике значення має група найпростіших, що є паразитами людини. Близько 30 видів викликають небезпечні протозойні захворювання. Так, дизентерійна амеба, яка мешкає в товстому кишечнику людини, викликає важке захворювання — амебіаз, симптоми якого схожі на дизентерію. Джерелом зараження служить хвора людина, що виділяє в навколишнє середовище величезну кількість цист. Зараження вододжерел, харчових продуктів, овочів, фруктів сприяє поширенню амебної дизентерії. У кишечнику людини можуть оселятися інші найпростіші: жгутіконосци — лямблії, інфузорія балантидий. Важкі захворювання викликають деякі види споровиков. Наприклад, малярійні плазмодії, перебуваючи в крові людини, руйнують еритроцити. Відомо 4 види малярійних плазмодіїв, що викликають різні форми малярії. Характерною особливістю цього захворювання є регулярно повторювані напади виснажливої лихоманки з більшою температурою. Часто захворювання закінчується смертю людини. Переносником збудника малярії є малярійний комар, в організмі якого плазмодії проходять частину свого життєвого циклу. В даний час вогнища малярії зберігаються в деяких тропічних регіонах
— в Південній Азії, Південній Америці, Африці. До тяжких протозойным захворювань людини відносяться сонна хвороба, збудниками якої є жгутіконосци — трипаносомы, і різні форми лейшманіозів, що викликаються іншими жгутиковими — лейшманиями.