Дія відбувається в Москві в 1584 р. і починається сваркою в Боярської думі: Михайла Нагий, брат цариці Марії Федорівни, сперечається за місце з Салтиковим і втягує в сварку інших бояр. Захар’їн-Юр’єв, брат першої царевой дружини, перериває спори, заговоривши про важливість зібрав їх справи: Іоанн, терзаючись каяттям після вбивства сина, вирішив прийняти чернечий сан і вказав Думі обрати собі наступника. Між тим «вороги з усіх боків воюють Русь», в ній же мор і голод. Князь Мстиславській говорить про непохитності царя в його рішенні. Нагий пропонує малолітньої Дмитрія-царевича з царицею і, при необхідності, «правителя», яким готовий бути сам — Сицько — Захар’їна, не заплямував себе нічим. Захар’їн ж говорить за Івана Петровича Шуйського, нині сидить в обложеному Пскові.
Однак цар потрібен негайно. Захар’їн питає поради у Годунова, не чинившегося про місцях і скромно сів всіх нижче. Той, детально змалювавши незавидне становище держави, говорить про неможливість змінювати царя в таку пору і кличе бояр просити Іоанна залишитися на престолі. Сицько, поминаючи злодіяння царя, марно намагається зупинити бояр. Вони відправляються до царя, по дорозі вирішуючи, хто буде вести мову, і робея государева гніву. Годунов бере ризик на себе. Іван, вже одягнений у чорну рясу, знявши шапку Мономаха, в опочивальні чекає рішення бояр і журиться спогадів останнього злодійства. Прибуває гонець із Пскова, якого цар спочатку відсилає до «новому владиці», але потім, почувши, що радісна новина, вислуховує розповідь про відображення штурмів і відступі Батура від Пскова. Йому подають лист від Курбського, в якому той дорікає царя нескладним складом, загрожує швидким взяттям Пскова, багато злодійства Івана називає причиною теперішнім його поразок і уїдливо поминає його видалення від справ. Іван впадає в лють, бо, погубивши всіх родичів Курбського, безсилий зігнати на комусь свою досаду. Приходять бояри, яких цар зустрічає в сильному роздратуванні. Вислухавши коротку промову Годунова, він одягає Мономахову шапку, докоряючи змусили його до того бояр, і цілує Годунова, який вів сміливі і зухвалі промови «для блага держави». Відсутність Сицкого не залишається непоміченим, і цар, не бажаючи слухати заступників, розпоряджається про страти.
У царських покоях Годунов з Захарьиным очікують Іоанна, і Годунов говорить, що цар, бажаючи розлучитися з царицею, сватає племінницю англійської королеви. Обурений Захар’їн запитує, як відмовляв Годунов Іоанна, і отримує відповідь, що впливати на Івана можна лише обхідним шляхом. Входить Іван і повідомляє про бунт у польських військах під Псковом і про очікування посла з Варшави, посланого, на його думку, просити миру. Він карає Захарьину повідомити цю звістку народу. Годунову він велить обговорити з англійським послом умови майбутньої одруження. Той намагається заступитися за царицю і отримує гнівну відповідь, повне загроз. Залишившись один, Годунов картає себе за проявлене м’якість і зарікається віддавати перевагу совість користь справи. У будинку Василя Івановича Шуйського бояри Мстиславській, Бельський та брати Голі змовляються погубити Годунова. Вирішують, скориставшись роздратуванням народу, звалити всі біди на Годунова, і Шуйський пропонує для виконання задуму Михайлу Битяговского. Той береться взбунтовать народ і підбити його на вбивство. Бєльський пропонує для того ж послати Прокопія Кікіна. Приходить Годунов. Гості поспіхом розходяться. Годунов скаржиться Шуйскому, що його не люблять в Думі, Шуйський запевняє його у своєму розташуванні і підтримці і йде, раптово покликаний царем. Годунов, залишившись наодинці з Битяговским, виявляє досконале своє знайомство з його намірами і, пригрозивши йому небаченими стратами, відправляє на ті ж площі підговорювати народ проти Шуйського з Бєльським, бажаючих «царя отрутою вапна».
Між тим цариця не велить мамці царевича підпускати до нього кого б те ні було, і особливо Годунова Одному лише Микиті Романовичу Захарьину вона довіряє. Приходить Захар’їн. Цариця каже йому про чутки в палаці і запитує, не вірно ль її подозренье, що цар хоче кинути її з Димитрієм. Захар’їн просить її бути готовою до всього, царю не перечити і довіряти Годунову. Приходить Іван з Годуновим і, в очікуванні вийшла одягнутися цариці, вислуховує умови англійського посла і розпитує про прибулому польському після Гарабурде, гадаючи, які землі обіцяє Польща за світ, і не бажаючи слухати побоювань щодо мети сього посольства Увійшла цариці Іван оголошує