Роман складається з п’яти частин — кожна розповідає про одну з страт Господніх, що обрушилися на землю, як пророкував пророк Єзекіїль.
Частина перша — «Притча про втрачений брата» — оповідає про другий кари — голод. Місце дії — голодна Україна у часи колективізації; 1933 р. В сільській чайній Марія, дівчинка-жебрачка, намагається випросити що-небудь заради Христа, але ніхто не подає їй — крім єврейського хлопчика, який ділиться з нею нечистим хлібом вигнання. Сільські обурені вчинком чужинця; хліб у дівчинки відбирається. Хлопчик, який віддав свій хліб, — Дан, Аспід, Антихрист, брат Христа-Месії. Через одкровення пророків він спілкується з Господом, послав його на землю, в Росію, так як цей народ збрехав на Господа, відмовився від нього і тим самим замінив ярмо на дерев’яне ярмо залізне.
Дівчинка Марія разом з молодшим братом Васею повертаються у свою голодуючу село. Мати вирішує розділити сім’ю — кого з дітей підкинути чужим, кого-то просто залишити; сама їде на заробітки в інше місто. Перед від’їздом вона веде Марію і Васю в місто; голодним дітям чужинець знову подає хліб, але мати викидає «не наш, неправославный» шматок. Пізніше, в місті, діти ще раз попросять у Антихриста милостиню, але на цей раз їх зупинить міліціонер — жебракувати заборонено.
Кинуті матір’ю діти потрапляють в приймач. Їм дають провідника, щоб з його допомогою вони могли повернутися додому. По дорозі провідник гвалтує Марію і тікає. Діти знову потрапляють у притулок; вночі сторож розповідає їм казочку про «Божу деточку» «Ісуса Христа», замордованого жидами. Марію відвозять кудись з міста. Дівчинка тікає; опинившись одна в засніженому полі, вона бреде по ньому, плачу Божим плачем, від якого просвітлюється серце. Марія розшукує свою старшу сестру Ксенію, близько року живе у неї в будинку. Одного разу вона стає непотрібним свідком сімейних сцен (сестра зраджує чоловіка з коханцем), і її відсилають назад, у село. Там їй теж ніхто не радий; плачучи від несправедливості, Марія знову блукає по полю; там вона зустрічає Дана, Антихриста. На питання про причину сліз дівчинка відповідає: «тому, що євреї-жиди вбили Сина Божого і він тепер на небі, а Вася, брат мій, на землі, в місті Ізюмі». Так збулося пророцтво Ісаї: «Відкрився Я не питали про Мене, знайшли Мене ті, що не шукали Мене».
Марія відправляється в Керч, до матері. Через деякий час мати вмирає, Марія стає портової повією. Одного разу, голодна, вона знову зустрічає Дана, той подає їй нечистий хліб. Марія платить йому своєю любов’ю. Антихрист іде далі; землі та народу за неправду на Господа судилося друга кара — меч. Марія, засуджена за проституцію і бродяжництво, народжує у в’язниці від Дана сина — Васю. У 1936 р. вона вмирає.
Друга частина починається з міркування про наслідування Господа — інстинктивно або через розум. Автор відстоює думку про те, що євреї — народ не краще і не гірше за інших; але народ цей чудовий своїми пророками, які вміли слухати Господа. У «Притчі про муки нечестивців» розповідається про дівчинку Ганнуся. Вона живе у Ржеві разом з матір’ю і двома братами, один з них гине з вини сестри. Одного разу до Ганнусі приходять злодії; під час слідства дівчинка вказує на невинну людину — того садять у в’язницю. Матері дають нову квартиру. Одного разу до Ганнусі приходить Дан, Антихрист. Розглядаючи розписи на стінах (Аннушка живе в колишній церкві — з-за шпалер на стіні проступає образ Христа), він розмірковує про те, що Христа церковники підмінили ідолом, виснаженим олександрійським ченцем; зараз, навесні 1941 р. цей чернець, в свою чергу, підмінений «ассірійським банщиком» — Сталіним. Над ржевскими бараками Антихристу є бачення меча — збуваються слова Господа: «Горе місту крови, і я розкладу велике вогнище». Починається війна. Мати Аннушки вмирає; дівчинка потрапляє в дитбудинок. Аннушка, за час окупації встигла поспілкуватися з німцями, навчилася ненавидіти євреїв. Детдомовская дівчинка Суламіф дратує її. Заздрячи, що при евакуації єврейка потрапила до хорошої прийомної матері, Аннушка доносить німцям, що Суламіф — нерусская. Єврейку вбивають, Ганнусю — відсилають в Німеччину на роботи. Перед її від’їздом до поїзда приходить Дан і просить дівчину, щоб в Німеччині та вголос прочитала лист паперу, який він вручає їй. Антихрист має проклясти німців, як Господь колись через Єремію прокляв Вавилон. Сам пророк не може вступити в нечестиву землю.
Одна з жінок, викрадаються разом з Ганнусею в рабство, просить Дана взяти її дитину, дівчинку Пелагею. Німці, помітили єврея, намагаються вбити його, але Антихриста вбити неможливо.
Аннушка виконує доручення Дано — нечестива Німеччина, ненавидить Бога і улюблений їм народ, проклята. Сама Аннушка незабаром вмирає від лихоманки.
Дія «Притчі про перелюбство», що оповідає про третій кари — хіттю, відбувається в 1948 р. В приволзькому місті Бор живе сім’я Колосових — фронтовик Андрій, його дружина Віра і дві дочки — Тася і Устя. Недалеко живе дивна єврейська сім’я — Дан Якович і його дочка Руфіна, на єврейку абсолютно несхожа. Віра Копосова, відносини якої з чоловіком дуже складні (той вважає, що під час війни дружина зраджувала йому), познайомившись з Даном, закохується в нього. Розуміючи, що безпосередньо вона не зможе спокусити єврея, вона зводить з ним свою дочку Тасю. Та теж закохується в Дана, вони зустрічаються. Про цих побаченнях дізнається батько. Разом з донощиком Павловим вони намагаються вбити Антихриста, але це виявляється неможливим. Віра є до Дану, і пропонує своє заступництво в обмін на те, що він переспить з нею. Антихрист, любляча донька, змушений вчинити перелюб з матір’ю. Руфіна випадково виявилася свідком їхньої зустрічі, і Тася все бачить і розповідає про гріх матері батька. Той спочатку намагається вбити дружину, потім у той же день вмирає від горя. Руфіна тим часом тікає в ліс; там її ледь не гвалтує хтивий антисеміт Павлов; дівчину рятує лише поява двох ведмедиць. Після пережитого Рут усвідомлює, що вона — пророчиця, і мириться з батьком, прокляттям очистившимся від гріха свого.
Частина четверта, основа якої — «Притча про хвороби духу», що оповідає про цькування євреїв на початку 50-х рр. Притчі подане вступ — роздум про авторське російською антисемітизмі. За цю духовну хворобу Бог посилає четверту кара — хвороба, моровицю.
В Москву, в сім’ю Иволгиных, що складається з єврея-мистецтвознавця, його руської дружини Клавдії і їх сина Савелія, приїжджають двоє дітей — Ніна і Михайло, з Вітебська. Вони — племінники Клавдії; батьків їх заарештували за звинуваченням у білоруському націоналізмі. Иволгины, люди всього бояться, всіляко приховують своє єврейство, відмовляються від дітей. За сімейством Иволгиных мовчазно спостерігають двоє їхніх сусідів по квартирі — двірник-єврей Дан Якович і його дочка. У країні В цей час йдуть масові викриття євреїв-космополітів. Боягузливий Іволгін, намагається вберегтися від арешту участі в цькуванні свого народу, незабаром теж заарештований. На першому ж допиті його вбиває слідчий.
Після 1953 р. у овдовілої Клавдії з’являється новий шанувальник — старий Іловайський, розумний антисеміт. Він веде з Даном довгі суперечки про російською християнстві. В якості прикладу старий розбиває чашку: ціла, вона проста; розбита, стає складнішою. Дан, Антихрист, відчуває, що переспорити Іловайського неможливо — християнство дуже спотворено в грецькій і середньовічній інтерпретації. Слово, про який говорить Євангеліє від Іоанна і Іловайський, насправді лише принижує сенс.
Передмовою до п’ятої частини — «Притчі про розбитої чаші» — служить авторське міркування про співвідношення юдейства і християнства. Герої п’ятої частини — діти Антихриста від різних матерів: Андрій Копосов, син Віри, Василь Коробков, син Марії, і Пелагея-Рут, пророчиця, прийомна дочка Дана. Василь, Андрій і Савелій Іволгін навчається в Літературному інституті. Андрій сам приходить до Біблії, осягаючи її сенс — протилежний християнським. Одного разу молоді люди сходяться на модній виставці в Третьяковці; Пелагея дізнається в войовничому антисемите Василя сина свого батька. Той, проклинаючи «жидів», влаштовує скандал. Переконавшись у схожості з батьком — «жидом», Василь вішається.
До Андрія приїжджає його мати, Віра Копосова. Вона повідомляє йому, що він — син Дана. Андрій, «добре насіння», знайомиться зі своїм батьком; зібралася сім’я тихо справляє єврейське релігійне свято.
Перебуваючи в полубезумии від нагальної похоті, Савелій створює в алхімічній колбі двох філософських чоловічків». В розмовах з ними він дізнається відповіді на найголовніші питання — про шляхи до Бога, про істину, добро і зло, про розумне обґрунтування віри в Бога. Він остаточно впадає в божевілля, і його відвезли в психіатричну лікарню.
Пелагея, яка живе незайманою, відчуває, що прийшла пора стати жінкою. За прикладом дочок Лота вона спокушає свого батька, Антихриста. Той, відчуваючи, що здійснюється задум Господній, у сп’янінні гвалтує її. Пророчиця Пелагея зачинає сина від Антихриста. Той, що зробив все, призначене йому на землі, вмирає. Перед смертю він наставляє сина Андрія, який йде до Бога самим складним шляхом — через розум, через сумнів.
Син Палажки і Антихриста, теж Дано, слухає, як мати читає йому вислову пророка Второисайи, задовго до Христа проявив ті ж ідеї.
Андрій, Пелагея з сином і излечившийся Савелій їдуть за місто, в ліс. Дивлячись на сувору зимову природу, вони осягають сутність антагонізму Христа і Антихриста: перший — заступник грішників і гонителів, другий — протегує жертвам гнаним. Наближається розплата за гоніння, найстрашніша кара п’ята — спрага по слову Господньому, від якої не врятує і Христос.