У будинку Івана Петровича Шуйського, в присутності багатьох духовних осіб і деяких бояр, вирішують розвести Федора Іоанновича з царицею, Годунової сестрою, завдяки якій, на загальну думку, і тримається Борис. Складають папір, де, поминаючи неплодность цариці і малолітство Димитрія, просять царя вступити в новий шлюб. Головін натякає Шуйскому на можливість поставити Димитрія замість Федора, але отримує сувору відсіч. Княжна Мстиславська обносить гостей, п’ють здоров’я Федора. Шаховскому, нареченому Мстиславской, сваха Волохова називає місце таємної зустрічі. Іван Петрович відправляє чолобитну митрополиту, нарікаючи необхідністю губити царицю. Федюк Старков, його дворецький, доносить про бачене Годунову. Той, отримавши з Углича відомості про зносинах Головіна з Нагими й бачачи загрозу своїй владі, оголошує своїм прихильникам, Луп-Клешнину і князю Туренину, про рішення примиритися з Шуйським. Приходить Федір, нарікаючи на взбрыкнувшего коня. З’являється цариця Ірина, якій Федір лукаво повідомляє про красуню Мстиславской, бачені їм в церкві, і тут же запевняє царицю, що вона для нього краше всіх. Годунов говорить про бажання примиритися з Шуйським, і цар з радістю береться влаштувати справу.
Федір оголошує про намір примирити Годунова з Шуйським і просить допомоги у митрополита Діонісія та інших духовних осіб. Діонісій дорікає Годунова у утиски церкви, поблажливість до єретиків і відновлення збору податей, від яких була звільнена церква. Годунов вручає йому захисні грамоти і повідомляє про вжиті гоніння на єресь. Цар просить підтримки у Ірини і бояр. Супроводжуваний народними захватами, приходить Іван Петрович Шуйський. Федір картає його невідвідуванням Думи, Шуйський відговорюється неможливістю піддакувати Годунову. Федір, поминаючи Писання і закликаючи в свідки духовних осіб, говорить про благо примирення, і покірний йому Годунов пропонує Шуйскому согласье. Шуйський дорікає його в небажанні ділитися управлінням держави, що Іван заповів п’ятьом боярам: Захарьину (померлому), Мстиславскому (насильно постриженному), Бєльському (сосланному), Годунову і Шуйскому. Годунов, виправдовуючись, каже про пихи Шуйського, про те, що скористався одноосібною владою на користь Русі, чого призводить і докази; він додає, що важка справа введення в порядок розстроєного держави немило тільки Шуйським. І коли Іван Петрович називає прихильником своїм митрополита, той повідомляє про дії Годунова на користь церкви і схиляє Шуйського до світу. Ірина, показуючи гаптований нею покрив для псковської святині, зізнається, що це її молитовний обітницю за порятунок Шуйського, обложеного колись литовцями в Пскові. Схвильований Шуйський готовий забути колишню ворожнечу, але вимагає від Годунова гарантій безпеки своїм соратникам. Годунов клянеться і цілує хрест. Запрошують виборних від наведеної Шуйським натовпу. Федір заговорює зі старим і не вміє його зупинити, його племінника дізнається купця Красильникова, тешившего його недавно ведмежим боєм, згадує його брата Голуба, одолевшего в кулачному бою Шаховського, — не відразу Годунову і Шуйскому вдається повернути царя до того, заради чого покликано виборні. Шуйський оголошує про примирення з Годуновим, купці хвилюються («нашими Ви миритеся головами»), Шуйського дратує недовіра до людини, тільки що клявшемуся на хресті. Купці просять про захист від Годунова царя, але той відсилає їх до Бориса. Борис тишком велить записувати імена купців.
Вночі в саду Шуйського княжна Мстиславська з Василиною Волохова чекають Шаховського. Він приходить, говорить про любов, про нетерпінні, з яким чекає весілля, смішить її і жартує з нею. Прибігає Красильников, впустивши якого, Шаховської ховається, кличе Івана Петровича і повідомляє, що всі, що були у царя, схоплені за приказанью Годунова. Вражений Шуйський наказує підняти Москви на Годунова. Заикнувшегося було про Димитрія Головіна він різко обриває і, заявивши, що Борис обманом занапастив себе, йде до царя. Залишилися бояри між тим обговорюють чолобитну, приискивая нову царицю. Василь Шуйський називає княжну Мстиславскую. Брат її вирішується не відразу, бажаючи знайти хоч привід для сварки з Шаховським. Поки він коливається, Головін вписує ім’я княжни в чолобитну. З’являється Шаховський, який заявляє, що наречені не віддасть. Виявляється і княжна з Волохова. При загальному крику, взаємних загрози і докорах Шаховської вихоплює грамоту і тікає. Годунов являє цареві державні папери, зміст яких той не вдається, а погоджується з решеньями Бориса. Цариця Ірина говорить про лист з Углича від вдовуюча цариці з проханням повернутися з Димитрієм в Москву. Федір було передає справу Борису, але Ірина вимагає рішення «сімейної справи» від нього; Федір сперечається з Борисом і дратується його завзятістю. Приходить Шуйський, скаржиться на Годунова. Той не відпирається, пояснюючи, що купці взяті не за минуле, а за спробу порушити мир між ним і Шумський. Цар готовий пробачити Годунова, вважаючи, що вони просто не зрозуміли один одного, але непохитне вимога залишити в Угличі царевича нарешті сердитий царя. Годунов каже, що поступається місце Шуйскому, Федір просить його залишитися, Шуйський, вражений поведінкою царя, йде. Клешнін приносить пересланное з Углича лист Головіна Нагим, Годунов показує його цареві, вимагаючи взяття Шуйського під варту і, може бути, кари його. У разі відмови він загрожує піти. Вражений Федір після довгих вагань відмовляється від послуг Годунова.
Іван Петрович Шуйський втішає княжну Мстиславскую: він не допустить її шлюбу з царем і сподівається, що Шаховської не донесе на
них. Відіславши княжну, він приймає бояр і втекли Красильникова і Голуба і, припускаючи зміщення скудоумного Федора і зведення на престол Димитрія, визначає кожному завдання. Відчужений Годунов, сидячи вдома, розпитує Клешніна про Волохова і багато разів повторює, «щоб вона царевича дотримувала». Клешнін відправляє Волохову в УГЛИЧ нової мамкою, велить його берегти і натякає, що, якщо страждає падучею царевич погубить себе сам, з неї не запитають. Між тим Федір не може розібратися у поданих йому документах. Приходить Клешнін і повідомляє, що Борис захворів від розладу, а Шуйського негайно треба ув’язнити за намір звести на престол Димитрія. Федір не вірить. Входить Шуйський, якому Федір говорить про доносі і просить його виправдатися. Князь відмовляється, цар наполягає, Клешнін підбиває. Шуйський визнається у заколоті. Федір, злякавшись, що Годунов покарає Шуйського за зраду, заявляє, що сам велів поставити царевича на престол, і витісняє враженої Шуйського з кімнати. У царські покої вривається Шаховської і просить повернути йому наречену. Федір, побачивши підпис Івана Петровича Шуйського, плаче і не слухає доводів Ірини про безглуздість папери. Захищаючи Ірину від образ, він підписує Борисов наказ, кладучи в жах і її, і Шаховського. На мосту через річку старий бунтує народ за Шуйського, гусляр співає про його доблесть. Проїжджає гонець із звісткою про наступ татар. Князь Туренин зі стрільцями веде Шуйського у в’язницю. Подбиваемый старим народ хоче звільнити Шуйського, але той каже про свою провину перед «святим» царем і про те, що покарання їм заслужено.
Клешнін доповідає Годунову, що Шуйские і їх прихильники посаджені у в’язницю, і вводить Василя Івановича Шуйського. Той повертає справу так, ніби затіяв чолобитну для блага Годунова. Розуміючи, що Шуйський в його руках, Годунов його відпускає. Цариця Ірина приходить заступитися за Івана Петровича. Годунов, усвідомлюючи, що Шуйський не припинить йому перечити, непохитний. На площі перед собором жебраки говорять про зміну митрополита, неугодного Годунову, про страти купців, які стояли за Шуйського. Цариця Ірина призводить Мстиславскую просити за Шуйського. З собору виходить Федір, відслуживши панахиду за царя Івана. Княжна кидається йому в ноги. Федір шле князя Туренина за Шуйським. Але Туренин повідомляє, що Шуйський вночі повісився, винится, що недогледів (тому що відбивав натовп, приведену до в’язниці Шаховським, і відбив, лише застреливши Шаховського). Федір кидається на Туренина, звинувачуючи його у вбивстві Шуйського, і загрожує йому стратою. Гонець приносить грамоту з Углича про загибель царевича. Вражений цар хоче сам довідатися правди. Приходить повідомлення про наближення хана і швидкої облозі Москви. Годунов пропонує послати Клешніна і Василя Шуйського, і Федір переконується у невинності Годунова. Княжна Мстиславська говорить про намір постригтися. Федір, за порадою дружини, збирається всю тяжкість правління передати Борису і, поминаючи свій намір «всіх погодьтеся, все згладити», оплакує свою долю і свій царський борг.