20 лютого 1598 р. Вже місяць, як Борис Годунов зачинився разом зі своєю сестрою в монастирі, покинувши «нечистим» і відмовляючись прийняти московський престол. Народ пояснює відмову Годунова вінчатися на царство в потрібному для Бориса дусі: «Його лякає сяйво престолу». Гру Годунова прекрасно розуміє «лукавий царедворець» боярин Шуйський, прозорливо вгадуючи подальший розвиток подій: «Народ ще повоет та поплаче,/Борис ще скривиться трохи, […] І, нарешті, по милості своїй/Прийняти вінець смиренно погодиться…», інакше «даремно Лилася кров царевича-немовля», у смерті якого Шуйський прямо звинувачує Бориса.
Події розвиваються так, як передбачав Шуйський. Народ, «що хвилі, поруч ряд», падає на коліна і з «виттям» і «плачем» благає Бориса стати царем. Борис коливається, потім, перериваючи своє монастирське усамітнення, приймає «Велику владу (як він говорить у своїй тронній промові) зі страхом і смиреньем».
Минуло чотири роки. Ніч. У келії Чудова монастиря отець Пімен готується завершити літопис «останнім сказанням». Пробуджується молодий чернець Григорій, спав тут же, в келії Пимена. Він нарікає на чернече життя, яку йому доводиться вести з отроческих років, і заздрить веселою «младості» Пімена: «Ти рать Литви при Шуйском відбивав,/Ти бачив двір і розкіш Івана! Щасливий!» Переконуючи молодого ченця («Я довго жив і багатьом насолодився;/Але з тієї пори лише відаю блаженство,/Як в монастир Господь мене привів»), Пімен приводить в приклад царів Івана і Федора, які шукали заспокоєння «у подобу чернечих праць». Григорій розпитує Пимена про смерть Дмитрія-царевича, ровесника молодого ченця, — в той час Пімен був на послуху в Угличі, де Бог його і привів бачити «зле діло», «кривавий гріх». Як «страшне, небачене горі» сприймає старий обрання царевбивці на престол. «Цього сумною повістю» він збирається завершити свою літопис і передати подальше її ведення Григорію.
Григорій тікає з монастиря, оголосивши, що буде «царем на Москві». Про це доповідає ігумен Чудова монастиря патріарха.
Патріарх віддає наказ зловити втікача і заслати його у Соловецький монастир на вічне поселення.
Царські палати. Входить цар після «улюбленої бесіди» з чаклуном. Він похмурий. Шостий рік він царює «спокійно», але володіння московським престолом не зробило його щасливим. А адже помисли і діяння Годунова були високі: «Я думав свій народ у постачанні, у славі заспокоїти […], Я відчинив їм житниці, я злато/Розсипав їм […] Я збудував їм нові житла…». Тим сильніше спіткало його розчарування: «Ні влада, ні життя мене не веселять […], Мені щастя немає». І все ж джерело важкого душевного кризи царя криється не тільки в усвідомленні їм безплідності всіх його праць, але і в муках нечистої совісті («Так, жалюгідний той, у кому совість нечиста»).
Корчма на литовському кордоні. Григорій Отреп’єв, одягнений в мирську сукню, сидить за столом з волоцюгами-чернецами Мисаилом і Варламом. Він вивідує у господині дорогу на Литву. Входять пристави. Вони шукають Отреп’єва, в руках у них царський указ з його прикметами. Григорій викликається прочитати указ і, читаючи його, підміняє свої прикмети прикметами Мисаїла. Коли обман розкривається, він спритно вислизає з рук розгубленій варти.
Будинок Василя Шуйського. Серед гостей Шуйського Афанасій Пушкін. У нього новина з Кракова від племінника Гаврила Пушкіна, якій він після відходу гостей ділиться з господарем: при дворі польського короля з’явився Димитрій, «державний отрок, По манію Бориса убієнних…». Димитрій «розумний, привітний, спритний, до вподоби всім», король наблизив його до себе і, кажуть, допоможу обіцяв». Для Шуйського ця новина «важлива звістка! і якщо до народу Вона дійде, то бути грозі великої».
Царські палати. Борис дізнається від Шуйського про самозванця, який з’явився в Кракові, і «що король і пани за нього». Почувши, що самозванець видає себе за царевича Дмитрія, Годунов починає в хвилюванні розпитувати Шуйського, який досліджував цю справу в Угличі тринадцять років тому. Заспокоюючи Бориса, Шуйський підтверджує, що бачив убитого царевича, але між іншим згадує і про нетлінності його тіла — три дні труп Димитрія Шуйський «в соборі відвідував […], Але дитячий образ царевича був ясний,/І свіжий, і тихий, як ніби приспаний».
Краків. В будинку Вишневецького Григорій (тепер він — Самозванець) дурить своїх майбутніх прихильників, обіцяючи кожному з них те, що той чекає від Самозванця: иезуиту Черниковскому дає обіцянку підпорядкувати Русь Ватикану, збіглим козакам обіцяє вільність, опальним слугам Бориса — відплата.
В замку воєводи Мнішка у Самборі, де Самозванець зупиняється на три дні, він потрапляє «в мережі» його чарівної дочки Марини. Закохавшись, він зізнається їй у самозванстві, так як не бажає «ділитися з мерцем коханкою». Але Марина не потребує любові побіжного ченця, всі її помисли спрямовані до московського трону. Оцінивши «дерзостный обман» Самозванця, вона ображає його до тих пір, поки в ньому не прокидається почуття власної гідності і він не дає їй горду відповідь, називаючи себе Димитрієм.
16 жовтня 1604 р. Самозванець з полицями наближається до литовському кордоні. Його мучить думка, що він ворогів «покликав на Русь», але тут же знаходить собі виправдання: «Але нехай мій гріх ляже не на мене — А на тебе, Борис-царевбивця!»
На засіданні царської думи мова йде про те, що Самозванець вже обложив Чернігів. Цар віддає Щелкалову наказ розіслати «у всі кінці укази до воєводам», щоб «людей […] на службу висилали». Але найнебезпечніше — слух про Самозванця викликав тривогу і сумніви», «на площах бунтівний бродить шепіт». Шуйський викликається особисто заспокоїти народ, розкривши «злий обман бродяга».
21 грудня 1604 р. військо Самозванця здобуває перемогу над російським військом під Новгород-Сіверським.
Площа перед собором у Москві. У соборі тільки що закінчилася обідня, де була проголошена анафема Григорію, а тепер співають «вічну пам’ять» царевича Димитрія. На площі юрмиться народ, біля собору сидить юродивий Миколка. Хлопчаки його дражнять і відбирають копієчку. З собору виходить цар. До нього звертається Миколка зі словами: «Ніколку маленькі діти ображають […] Вели їх зарізати, як зарізав ти маленького царевича». А потім, у відповідь на прохання царя молитися за нього, кидає йому вслід: «ні, Ні! не можна молитися за царя Ірода — Богородиця не велить».
У Севська військо Лжедимитрія «начисто» розбите, але катастрофічний розгром аж ніяк не кидає Самозванця у відчай. «Зберігає його, звичайно, провидіння», — підсумовує соратник Самозванця Гаврило Пушкін.
Але ця перемога російських військ «марна». «Він знову зібрав військо розпорошене, — каже Борис Басманову, — І нам зі стін Путивля загрожує». Незадоволений боярами, Борис хоче воєводою поставити неродовитого, але розумного й талановитого Басманова. Але через кілька хвилин після розмови з Басмановым цар «занедужав», «На троні він сидів і раптом впав -/Кров хлинула з вуст і з вух».
Вмираючий Борис просить його залишити наодинці з царевичем. Гаряче люблячи сина і благословляючи його на царювання, Борис прагне всю повноту відповідальності за скоєне взяти на себе: «Ти царювати тепер по праву станеш. Я, я за все один відповім Богу…»
Після настанови синові царя входять патріарх, бояри, цариця з царівною. Годунов бере хресну клятву з Басманова і бояр служити Феодору «ретельністю і правдою», після чого над помираючим відбувається обряд постригу.
Ставка. Басманов, високо піднесений Феодором (він «начальствує над військом»), розмовляє з Гаврилом Пушкіним. Той пропонує Басманову від імені Димитрія «дружбу» і «перший сан по ньому в Московському царстві», якщо воєвода подасть «приклад розсудливий Димитрія проголосити царем». Думка про можливу зраду жахає Басманова, і тим не менш він починає коливатися після слів Пушкіна: «Але знаєш, що ми сильні, Басманов? Не військом, ні, не польскою допомагай, А думкою; так! думкою народним».
Москва. Пушкін на Лобному місці звертається до «московським громадянам» від царевича Димитрія, якого «Росія підкорилася», і «Басманов сам з каяттям старанним Свої полки привів йому до присяги». Він закликає народ цілувати хрест «законному володарю», «бити чолом батькові і государю». Після нього на амвон піднімається мужик, кидаючи в натовп клич: «Народ, народ! в Кремль! у царські палати!/ Іди! в’язати Борисова цуценя!» Народ, підтримуючи клич, «мчить юрбою» зі словами: «В’язати! Топити! Хай живе Димитрій!/Так гине рід Бориса Годунова!»
Кремль. Будинок Бориса взято під варту. Біля вікна діти Бориса — Феодор і Ксенія. З юрби чуються репліки, в яких прозирає жалість до дітей царя: «бідні діти, що пташки в клітці», «батько був лиходій, а дітки невинні». Тим сильніше моральне потрясіння людей, коли після шуму, бійки, жіночого вереску в будинку на ганку з’являється боярин Мосальский з повідомленням: «Народ! Марія Годунова і її син Феодор отруїли себе отрутою. Ми бачили їхні мертві трупи. (Народ в жаху мовчить.) Що ж ви мовчите? кричіть: хай живе цар Димитрій Іванович! Народ мовчить».