Після селянської реформи 1861 року, коли в російських селах почалися хвилювання, викликані грабіжницьким характером реформи, отримала ходіння прокламація “До панським селянам”. Її авторство влада вирішила приписати Чернишевським. Проте не так-то просто було розправитися зі знаменитим літературним критиком, статті якого пропускалися царською цензурою і широко друкувалися в “Современнике” і “Вітчизняних записках”. Усім було відомо про його революційних симпатіях, про близькість з Герценом та іншими великими революціонерами, однак ця сторона діяльності Чернишевського була ретельно законспірована. На вигляд була лише його літературна діяльність. З вражаючою і сміливої спритністю Чернишевський вмів висловлюватися у своїх статтях “між рядків”. Коли в друкувалися в “Современнике” статтях про Гарібальді і в коментарях до італійських подій він з дивною завзятістю мало не в кожній фразі повторював: “в Італії”, “я кажу про Італію”, навіть нетямущий читач зрештою починав розуміти, що мова йшла про Росію і про поточні політичні події. Тим не менш формально причепитися було ні до чого. 7 липня 1862 влади, які побоювалися відкритого повстання, заарештували Чернишевського і кинули його в Петропавловську фортецю. Формальним приводом став лист Герцена, в якому йшлося про те, що він разом з Чернишевським збирається друкувати “Дзвін” за кордоном, оскільки в Росії журнал був заборонений. Але цього було мало, необхідно було пред’явити Чернишевським більш вагоме обвинувачення. Але в чому? І влада пішла на пряму фальсифікацію. Відставний уланський корнет В. К. Костомаров, розжалуваний у рядові за таємне друкування “обурливих видань”, людина з психічними відхиленнями і бездарний поет-графоман, щоб уникнути покарання, погодився співпрацювати з III відділенням. Підробивши почерк Чернишевського, Костомаров написав записку, ніби від Чернишевського, з проханням змінити одне слово в прокламації. Крім того, Костомаров сфабрикував ще лист, в якому нібито містилися неспростовні докази прямої участі Чернишевського в революційній діяльності. На підставі цих фальшивих доказів на початку 1864 року Сенат виніс Чернишевським вирок – 14 років каторги і вічне поселення до Сибіру. Олександр II затвердив вирок, скоротивши термін перебування на каторзі на 7 років, однак фактично Чернишевський провів в ув’язненні понад 18 років.
При арешті Чернишевського були конфісковані всі його записи, в тому числі щоденник. Найбільш “небезпечні” нотатки були зашифровані (досить примітивним способом), однак у цілому щоденникові записи… носили досить безладний характер, до того ж їх мова і стиль виробляли досить сумбурне враження. Коли Чернишевським, який рішуче відкинув як фальшивку Костомарова, стали пред’являти звинувачення вже на основі щоденникових записів, він придумав сміливий і цікавий хід: вирішив видати щоденник за чернетку літературного твору, а всі свої міркування – за вимисел белетриста. Більше того, існує думка (люто оспаривавшееся офіційним радянським літературознавством), що Чернишевський став писати “Що робити?” лише для того, щоб виправдати утримання свого “крамольного” щоденника, який він таким чином перетворював в чернетку романа. Чи причина його написання тільки в цьому, однак ця версія проливає світло на загадку роману, явно погано продуманого і написаного в поспіху. Дійсно, тон оповіді стає недбалим і розв’язним, то воно набуває надумані, фантастичні риси. У радянському літературознавстві було прийнято стверджувати, що царська цензура просто-напросто “прогледіла” революційний характер твору і тому допустила його до друку. Але є й інша точка зору: цензори прекрасно бачили, що все в цьому нібито “любовний” роман шито білими нитками, однак, беручи до уваги повну відсутність яких-небудь художніх достоїнств рукописи (про це на перших сторінках заявляє і сам автор), вони сподівалися, що прославлений публіцист і революціонер скомпрометує себе в очах освіченої громадськості такою бездарною виробом. Але вийшло все навпаки! І справа тут не в літературних обдарування автора, але в тому, що він своєю книгою підкорив не одне покоління молодих людей, які сміялися над міркуваннями про Прекрасне і самої бездоганної формі воліли “корисне” зміст. Вони зневажали “марне” мистецтво, зате схилялися перед точними науками і природознавством, вони відмовлялися від релігії, але з релігійним запалом відстоювали віру в людину, точніше, в “нових людей”, тобто в самих себе. Син священика і шанувальник Фейєрбаха, Чернишевський, цей мученик за віру в світле майбутнє людства, відкрив дорогу тим, хто підмінив релігію боголюдини релігією людинобога… Так сталося, що передсмертне марення Чернишевського записав секретар. Його останні слова дивовижним чином перегукуються з фразою, сказаної кілька десятиліть потому Зигмундом Фрейдом з приводу своєї наукової діяльності: “У цій книзі немає Бога”. Чернишевський у своїх передсмертних мареннях згадував про якомусь творі (хто знає, бути може, про свій роман?): “Дивна річ: у цій книзі жодного разу не згадується про Бога”.