Пройшов місяць, з тих пір коли Борис і його сестра закрилися в монастирі і відмовилися взяти напрямок на престол в місті Москва. Жителі можуть пояснити відмову Годунова тільки тим, що він злякався влади. Але Шуйський не був такий простий і розумів, що це все гра. Так як немає сенсу в тому, що царевич в дитинстві був убитий.
Події відбуваються, як їх і передбачали. Народ благав і просив Бориса Годунова взяти на себе царювання Москвою. Він трохи згодом погоджується і виходить з монастиря. Проходить 4 роки.
Між тим у Чудова монастиря священнослужитель Пімен мріє закінчити літопис. Прокидається Григорій, який спав неподалік від Пимена. Григорій скаржиться на життя при монастирі, якій він живе ще з дитинства і біжить від такого життя. Перед тим він розпитує у Пимена про мертвого царевича, так як спадкоємець був його ровесником, а під час смерті його Пімен знаходився в Угличі.
Григорій хоче потрапити на трон. Про даному подію доповідають патріарху. Він наказує наздогнати Григорія і відправити його на заслання до Соловецького монастиря. Після бесіди з чаклуном приходить цар. Шість років він вже править, але цей факт його не задовольняє. Він усвідомлює марність своїх дій, так і муки совісті його давно вже здолали.
Пристави увійшли. У них указ з прикметами Григорія, але він, пропонуючи свою кандидатуру на прочитання указу, змінює зовнішні прикмети. Брехня його розкривається, але він встигає втекти. В маєтку Шуйського гостює Афанасій Пушкін. Він має цікавою новиною з маєтку Кракова і ділиться з її з главою будинку. Шуйський розуміє, що якщо про даної новини дізнаються всі, то це принесе великі неприємності. У царських палатах Шуйський розповідає Борису Годунову про Кракові. Дізнавшись про все, Григорій видає себе за царевича. Борис Годунов розпитує Шуйського про смерть справжнього царевича, і про те, як той відвідував його цілих три дні поспіль, але розповідає, що він був такий красивий, як ніби спав.
Григорій, зваблюючи всіх намічених прихильників в маєтку Вишневського, обіцяє приєднати Русь до Ватикану. Так само обіцяє козакам дати вільність, а всіх слуг Годунова покарати. Він заїжджає до Мнишке, де вирішує зупиниться, за три дні він закохується в Марину і розповідає про те, що він самозванець. Марина не бажає любити ченця, тим більше втікача, так як вона бажає встати на престол Москви.
Після усіляких образ з її боку у нього прокидається гідність, і він знову наполягає, що він царевич. Григорій вже недалеко від кордону з Литвою, він нескінченно терзає себе думкою, що самі закляті вороги самі були покликані їм на Русь. Але швидко виправдовує себе у своїх очах, посилаючись на Бориса. Царська дума на засіданні обговорила, що втікач уже пройшов Чернігів. Цар видає указ про призов на службу. Шуйський намагається заспокоїти громадян. Царевич-самозванець виграє битву.
На площі поруч з собором, після того, як закінчилося збори, де було прийнято рішення про анафему, співають пісню в пам’ять про царевича. Поруч з собором сидить Никола, хлопчаки, які грають поруч, починають його дражнити, тим, що він зарізав спадкоємця. Але на пропозицію про молитву царю, Нікола відповів відмовою, і сказав, що за нього Богородиця не веліла молитися. Борис Годунов сильно не задоволений боярами, він бажає, щоб воєводою стар людина без роду, незважаючи на те, що Басманов розумний і талановитий.
Через деякий час після бесіди з Басмановым, государ відчув себе погано, різко впавши з трону, а кров потекла з рота і вух. Розуміючи, що гине, Борис Годунов попросив усамітнення з царевичем. Він дуже любив свого сина і благословив його на правління. Після цієї розмови, в зал увійшов Патріарх, цариця з дочкою і бояри. Всі обіцяють царя, що будуть служити правдою його спадкоємцю, після сказаного він почав проходити обряд постригу.
Пан Басманов, якого Феодор високо підніс, веде розмову з Пушкіним, який бажає здружитися, прикриваючись Димитрієм, так само він пропонує головний сан, якщо той запропонує його на престол. Така думка сприймається Басмановым як зраду, але він все-таки її починає обмірковувати. Пушкін скликає громадян, від імені Димитрія, на “Лобному місці і починає закликати жителів цілувати хрест, беручи нового главу держави.
Звідки ні візьмися, з’являється чоловік, який висловлює всім, що Димитрія, Борисова цуценя, треба в’язати, і все вбігають в палати. Під вартою опинився весь особняк Бориса з дітьми. Але багато переймаються співчуттям до дітей, пояснюючи це тим, що діти невинні в лиходійствах свого батька. На порозі, після того як всі трохи заспокоїлися, виявляється Мосальский і каже громадянам, що дружина Годунова і її синок наклали на себе руки, отруївшись отрутою. І те, що їх трупи вони бачили власними очима. А Димитрія, безмовно, все ж проголосили новим правителем.