Тісне співробітництво з вермахтом в питаннях, що стосуються військовополонених, а так само великий вплив, який надавав в цьому відношенні німецький апарат безпеки в перші роки війни, призвели майже до повної монополії РСХА (Головне імперське управління безпеки) у справах військовополонених на останній її стадії.
У другій половині 1944 року було вироблено основний і радикальна зміна у вищих ланках німецького апарату у справах військовополонених. Коли після замаху на Гітлера 20 липня 1944 року Гіммлер був призначений командувачем армією резерву, він прийняв у своє відання також і справи військовополонених. З цього часу, як показав підполковник Крафт, начальник ОКВ (Верховне головнокомандування вермахту) Кейтель «не захотів» більше займатися справами військовополонених, а АВА (Загальне управління Вермахту генерал Рейнеке) вже втратив владу над Управлінням у справах військовополонених. На посаду начальника цього управління Гіммлер призначив обергруппенфюрера СС Бергера, генерала військ СС, який був підпорядкований безпосередньо йому.
В цей час начальником штабу Бергера в Управлінні у справах військовополонених був полковник Маурер. Під керівництво Бергера і перейшов колишній організаційний відділ (табори для військовополонених, використання праці полонених, поводження з ними, покарання тощо). У компетенції ОКВ/АВА залишився тільки загальний відділ (міжнародно-правові питання, держави-покровительки, скарги військовополонених, німецькі військовополонені в Англії, Франції тощо).
Влада Бергера поширювалася і на генералів вермахту, які виконували в окремих військових округах функції «начальників військовополонених». Однак вони не підкорялися йому безпосередньо. У кожному військовому окрузі діяв вищий офіцер СС і поліції. Ці офіцери і стали «вищими начальниками військовополонених».
Таким чином, есесівці стали безпосередніми начальниками генералів вермахту, а СС в цілому справляла безпосередній вплив на табори для військовополонених і справи військовополонених.
Першим кроком нових «управителів» було введення більш жорсткого табірного режиму і більш суворого нагляду над полоненими. Були посилені охорона та контроль у зв’язку з можливістю активних виступів організацій опору військовополонених і навіть повстань у таборах.
СС ввела найсуворіший огляд всіх посилок і передач, що одержуються військовополоненими, аж до розкриття банок з консервами і т. д. Становище військовополонених погіршився б у багато разів (ніж це мало місце після введення нового режиму), якби не та обставина, що війна незабаром вступила в свою завершальну стадію і поразка гітлерівської Німеччини вже ні в кого не викликало сумнівів.
Крім того, масові втечі військовополонених завдавали багато клопоту апарату безпеки рейху, і Гіммлер неодноразово дорікав вермахт в тому, що той не може впоратися з цими справами. Тісна співпраця вермахту, оперативних загонів і груп по лінії безпеки і СД в масове винищення радянських військовополонених, співучасть у вбивстві втекли польських офіцерів у Десселе і в англійських Жагани, знищення командос і парашутистів — все це з часом перетворило СС, поліції безпеки і СД в грізних конкурентів вермахту в прагненні захопити повний контроль над апаратом у справах військовополонених.
Поряд з Гіммлером тиск в цілях передачі полонених в руки СС надавали також і ті інстанції та організації третього рейху, які під час війни були відповідальні за військову економіку держави (військова промисловість, розподіл робочої сили, експлуатація та виділення стратегічного сировини тощо). Всі вони обіцяли, що після цього продуктивність праці військовополонених підвищиться. Серед прихильників цієї «реформи» поряд з уповноваженим з питань чотирирічного плану Герінгом виявилися члени «комітету центрального планування» (міністр Шпеєр, фельдмаршал Мильх), генеральний уповноважений з використання робочої сили Заукель, члени «егерштаба» (наприклад, Заур та інші).
У березні 1944 року Заур на засіданні «егерштаба» повідомляє, що висунута пропозиція про передачу шталагов у відання СС, а на засіданні «комітету центрального планування» Шпеєр інформує, що Гітлер погодився з проектом Герінга, щоб всі шталаги, за винятком тих, де розміщені англійські та американські військовополонені, передати СС.
Ці концентровані зусилля привели на кінцевій стадії війни до перемоги СС в цьому питанні і встановленню її «опіки» над усіма військовополоненими.
Організаційне підпорядкування апарату у справах військовополонених злочинної організації СС було вершиною і як би символічним завершенням тривалого процесу — ідеологічного ототожнення німецьких збройних сил з НСДАП, з проголошеними гітлеризмом «ідеями».
Це ототожнення, яке сталося в результаті захоплення генералами-гітлерівцями ключових позицій у вермахті, було одним з головних джерел усіляких злочинів, скоєних вермахтом у другій світовій війні, в тому числі у відношенні військовополонених.