Він народився на острові Самос (Греція), 569 році до нашої ери. Згідно з різними джерелами, смерть Піфагора зафіксована між 500 р. до н. е. і 475 р. до н. е. в Метапонте (Італія).
Його батько, Мнесарх, був торговцем дорогоцінними каменями. Ім’я його матері було Пифаида. У Піфагора було два або три брата.
Деякі історики кажуть, що Піфагор був одружений на жінці по імені Феано і мав дочку Мийя, а також сина на ім’я Телавг, який досяг успіху в якості вчителя математики і, можливо, вчив Емпедокла.
Інші кажуть, що Феано була однією з учнів Піфагора, а не його дружиною, і не виключено, що Піфагор ніколи не одружувався і не мав дітей.
Піфагор був добре освічений, він грав на лірі протягом всього свого життя, знав поезію і читав Гомера. Він цікавився математикою, філософією, астрономією і музикою, і на неї сильно вплинули Ферекид (філософія), Фалес (математика, астрономія) і Анаксімандр (філософія, геометрія).
Піфагор залишив Самос приблизно у 535 р. до н. е. і відправився в Єгипет за навчанням у жерців у храмах. Багато з переконань, які Піфагор переслідував пізніше в Італії, були запозичені ним від єгипетських жерців, таких як секретні знаки, прагнення до чистоти, відмова від вживання в їжу бобових або носіння шкури тварин в якості одягу.
Десять років потому, коли Персія вторглася в Єгипет, Піфагор був узятий у полон і відправлений у Вавилон (нині – територія Іраку), де він зустрів жерців, які навчили його священним обрядом. Ямвлих (250-330 рр. н. е..), сирійський філософ, писав про Піфагора: «Він також досяг досконалості в арифметиці, музиці та інших математичних науках, які викладали вавілоняни …».
зіткнення акрагантян і сиракузян. Також кажуть, що школа Піфагора в Кротоні була спалена, внаслідок чого він відправився в Метапонт, де помер від голодної смерті.
Принаймні, обидві історії включають сцену, в якій Піфагор відмовляється розтоптати врожай бобових рослин на полі, з метою втечі і порятунку, з-за чого його нарівні з іншими піфагорійцями зловили, і в ході нерівного бою учні і сам Піфагор загинули.
Теорема Піфагора є наріжним каменем математики і раніше настільки цікава математикам, що існує більше 400 різних доказів її вирішення, в тому числі оригінальна доказ 20-го американського президента Гарфілда.