Територіальне спадщина монголів з плином часу трансформувалася, видозмінювався. З’являлися нові держави, зникали старі. В основному це відбувалося за рахунок міжусобиці спадкоємців – претендентів на престоли. Не уникнув цієї долі і Улус Чагатая.
Освіта Могулистана
Казан-хан був останнім правителем Чагатайского улусу. Смерть його настала внаслідок змови, а держава, яким він керував, розділилося на дві частини – Могулистан і Мавераннахр. Рід чагатаидов зумів залишитися правителем тільки першого новоутвореної держави. Емір племені дулатов, що населяли ці території, створюючи нову державу, вирішив ханом поставити юного чингізиди Тоглук-Тимура. Це подія, яку можна назвати початком історії Могулистана, відбулося у 1347-1348 рр. в Аксу. При ньому утворився рада знаті, в який входили найвпливовіші і шановні дулаты – це плем’я було панівним на цих територіях.
Нова держава, назву якого означало «територія монголів», розташовувалося на землях Південно-Східного Казахстану, Киргизії і частини Східного Туркестану, що межувало з Білою Ордою, Ойратами і Імперією Тамерлана.
Перший правитель
Перший хан показав себе неабияким правителем і талановитим полководцем. Він почав проводити ряд реформ: судових, адміністративних, політичних, релігійних. Новий правитель активно насаджував іслам серед корінного населення. Тоглук-Тимур також вирішив розширити кордони своєї держави. У 1361 році він здійснив завойовницький похід в Мавераннахр і приєднав його. У 1362 році цей неабиякий правитель помер своєю смертю, що на ті часи було досить великою рідкістю.
Доля його малолітнього сина Ільяса була більш трагічною. Тоглук-Тимур залишив його в якості намісника в завойованому Мавераннахр. Місцеві еміри підняли повстання проти правління Тоглук-Тимура і його сина і скинули його. Ільяс-Ходжа втік до батька і там виявив, що батько вмер, а сам він став ханом. Регентом при ньому став емір Камар ад-Дін. Влада його була необмежена, але швидше за все він розумів, що з дорослішанням хлопчика їй прийде кінець. Тому в 1365-1366 році він віддає наказ убити хана, а потім і все потомство Тоглук-Тимура.
Грізний противник Тамерлан
Хизр-Ходжу, другого сина Тоглук-Тимура, від вбивць сховав племінник Камар-ад-Діна Худайдад і проголосив його ханом. Між тим у роздирається усобицею держави з’явився новий грізний противник – Тамерлан. За наступні двадцять років він здійснив близько десятка нищівних набігів на Могулистан. Усобиця не сприяла ефективному опору – емір Камар ад-Дін зазнав поразок від нього. Правительку ж земель Худайдада, його мати, Тамерлан захопив і тримав у полоні багато років до самої смерті.
Завоювавши Мавераннахр, емір Тамерлан зробив своєю столицею Самарканд, поклавши початок могутньої держави.
Спроба протистояти завоювань Тамерлана, змусила Хизр-Ходжу піти на союз з Білою Ордою. Але в цій боротьбі правитель Могулистана зазнав невдачі і був змушений визнати свою вассальство від еміра.
Хани Могулистана
З часом феодальна роздробленість тільки посилилася. Наступні хани не залишили наскільки значущих свідоцтво про своєму правлінні. Син Хизр-Ходжа хана, який правив з 1408 за 1416 рік, був відомий скоріше як ревний мусульманин, ніж мудрий правитель. Іслам на своїх землях він насаджував з рішучістю, що межує із садизмом. Правління його сина пройшло непоміченим. Але вже наступний правитель, Султан-Увайс-хан, став відомий своїм наполегливим прагненням перемогти калмиков.
Бухарського ханства, відпустив його з полону. Султан Махмуд-хан I, старший син Йунус-хана, був людиною мирною, і керував швидше номінально. Він захоплювався мистецтвом, живописом. У підсумку він взагалі відійшов від справ, віддавши управління державою племіннику Мансуру. Вирішивши тікати від міжусобних військ, попрямував під заступництво Шейбані, але був убитий разом з синами.
Мансур почав правління традиційно з війни з братами за владу. Один з них був убитий, другий після довгої боротьби визнав Мансура верховним ханом.
Але наступні хани все менше і менше контролювали коли-то величезна держава Монголів. На його території утворювалися нові держави, улуси, з’являлися нові правителі. Держава розпалася не відразу, як багато хто тоді, під впливом загарбників. Воно потихеньку пішло в небуття, частинами увійшовши в інші утворення.