Напередодні великої війни, яка призвела до розвалу колишньої Югославської Федерації, ВПС колишньої СФРЮ (Соціалістична Федеральна Республіка Югославія) мали шість пожов і одну окрему ескадрилью, на озброєнні яких було близько 150 Міг-21 .
Авіаудари по скупченням бойових загонів словенців
В кінці 80-х років у країні усе виразніше відчувалися відцентрові тенденції, в повітрі все відчутніше пахло війною і сторони до неї готувалися; створюючи, зокрема, свої збройні формування. А для цього необхідно було зброя, яку доводилося закуповувати за кордоном. Особливо ця проблема була актуальною для хорватів. У пресі повідомлялося, що для доставки закупленого в Австрії та Угорщині військового спорядження вони, крім інших засобів, використовували легкі літаки: туристські, спортивні, сільськогосподарські. Зазначалося, що для боротьби з цією контрабандою були залучені винищувачі федеральної авіації, тобто «двадцять перші», яким вдалося збити, або знищити на землі деяких порушників.
27 червня 1991 року Словенія оголосила про вихід зі складу СФРЮ, та частини тодішньої ЮНА (Югославська Народна Армія) почали бойові дії проти словенської «домобраны». ВВС, в т. ч. і Міг-21, з 28 липня приступили до нанесення авіаударів по скупченням бойових загонів словенців, Люблянському аеропорту, де був знищений один аеробус А320, і т. п.. Застосовувалися авіабомби різних калібрів, аж до 500 кг, британські бомбові касети BL-755, які завдавали особливо сильний шкоди живій силі ворога і мирному населенню, а також 57-мм і 128-мм НУРС. Вильоти здійснювалися як вдень, так і вночі. Основу ППО словенців становили МЗА (малокаліберна зенітна артилерія) і ПЗРК. Незважаючи на протидію, надану нею, жодна Мить не був збитий.
Тим не менш федерали зазнали невдачі і незабаром змушені були покинути Словенії. Війна перекинулася в Хорватію, де бойові дії почалися в перші дні липня 1991 року.
Маневреність дозволяла їм йти
Тут, як і в Словенії, Міг-21 залучалися до нанесення ударів по наземним цілям, а також до ведення повітряної розвідки. Повітряного противника фактично не було, оскільки ВВС хорватів складалися з кількох переобладнаних легкі бомбардувальники і штурмовики навчальних і сільськогосподарських літаків, які не представляли ніякої загрози для реактивних винищувачів, але, в свою чергу, виявилися для останніх дуже важким «горішком». Мала швидкість колишніх «крилатих фермерів» і хороша маневреність дозволяла їм йти з-під атак швидкісних Мігів, а слабка теплова сигнатура поршневих двигунів робила марними проти «крилатого наброду» ракети з інфрачервоною теплової саме наводкою. Це підтвердилося в ході боїв за р. Вуковар, коли з цих причин Міги так і не змогли збити жодного з перехоплених ними хорватських Ан-2, які ночами здійснювали вильоти на постачання обложеного гарнізону і бомбардування сербських позицій.
Правда, федеральні винищувачі могли похвалитися успіхом: 31 серпня 1991р. ними був перехоплений і примушений до посадки в аеропорту «Плесо» вантажний Боїнг-707 з угандійський реєстрацією, на борту якого було вісімнадцять тонн зброї та боєприпасів сінгапурського і південноафриканського виробництва, доставлявшегося хорватам. В руки федералів потрапила багата здобич.
6 січня 1992 року, через три дні після вступу в силу угоди про припинення війни в Хорватії, один з льотчиків, які здійснювали виліт на Миті, здобув повітряну перемогу, яка, однак, була грубим порушенням правил ведення війни, викликала міжнародний скандал і коштувала посади головкому ВПС Югославії.
ООН, продовжували використовувати авіацію над Боснією. Сербські літаки з’являлися також над Хорватією, а були втрати списувалися на льотні події, кількість яких помітно зросла через зношеність техніки і неможливість придбання запчастин.