Восени 1942 року в Маутхаузен прибули два транспорту радянських полонених, які налічували близько тисячі чоловік кожен. Спочатку цих полонених помістили в ізольованій частині табору, але в 1943 році перевели в загальний табір (Schutzhaftlager). Полонених використовували на внутрилагерных роботах, в будівельних командах і на каменоломнях. Близько тисячі були піддані «дієтичним» експериментів. Від двох транспортів загальною чисельністю близько 2 тисяч осіб до моменту звільнення табору в 1945 році залишилося в живих тільки… 5 полонених! Всі інші були знищені різними способами.
Хоча найбільш поширеним способом винищення був метод «роботи до смерті», тим не менш гітлерівці час від часу організовували і масові екзекуції. Так, під час візиту Гіммлера в Маутхаузен «для його задоволення» було розстріляно 50 радянських офіцерів.
Навесні 1944 року було убито 94 старших радянських офіцера, але вже з іншого приводу: вони відмовилися дати свідчення військового характеру.
Разом з радянськими військовополоненими у Маутхаузені та його філіях страждали і гинули, хоча і в меншому числі, військовополонені інших національностей. На заводі Мессершмітта в Гузене (де випускалися літаки типу «Ме-109») працювали також американці і французи. Зайнятих там полонених «били, катували і вбивали».
У табір Маутхаузен було кинуто близько 8 тисяч іспанців, які воювали в лавах французької армії. То були антифашисти, колишні бійці іспанської республіканської армії, які після падіння Іспанської республіки добровільно вступили у французьку армію, щоб в її лавах продовжувати боротьбу з фашизмом. Після військової поразки Франції в 1940 році доля полонених-іспанців кілька місяців залишалася невизначеною. В гітлерівському міністерстві закордонних справ і ОКВ роздумували над тим, визнавати за іспанцями статус військовополонених чи ні. Зрештою було прийнято рішення: кинути їх в Маутхаузен.
З 8 тисяч іспанців вціліло лише 1600 осіб.
Маутхаузен «прославився» завдяки екзекуціям, наведеними у рамках акції «Кугель».
З весни 1944 року по лютий 1945 року в Маутхаузен прямували транспорти військовополонених — переважно росіян, англійців, французів і поляків, призначених для знищення. То були втікачі і знову схоплені офіцери і сержантський (унтер-офіцерський склад всіх національностей. На основі угоди між ОКВ і поліцією безпеки навесні 1944 року всіх таких втікачів коменданти таборів передавали в руки поліції безпеки з позначкою «ступінь III» («Stufe rom. III»). Цим шифром позначали втікачів, які підлягали (із збереженням найсуворішій таємниці) ліквідації у Маутхаузені. Передаючи полонених, поліція безпеки інформувала коменданта Маутхаузена, що всі ці в’язні поміщаються в табір в рамках акції «Кугель».
Тут їх помістили в ізольованому від решти табору високими стінами так званому блоці № 20 і не реєстрували в табірній канцелярії: лише в кожному окремому випадку повідомляли на кухню загальне число цих в’язнів. Їх пильно стерегли есесівці. Страта здійснювалася майже виключно шляхом розстрілу.
Страти проводилися здебільшого з застосуванням випробуваною вже в інших таборах «методи», заснованої на обмані пильності жертв. Якщо в Маутхаузен прибував більш великий транспорт таких полонених, їх труїли газом.
Особливим звірством відзначена одна з екзекуцій, вчинена над офіцерами союзних армій. Навесні 1944 року в Маутхаузен прибула група з 36 бельгійських, голландських, французьких і британських офіцерів. Після реєстрації у табірній картотеці їх направили в штрафну роту. На другий день їх під градом ударів погнали — босих, одягнених тільки в нижню білизну — вниз, в каменоломню. Звідти навантажених важкими кам’яними брилами, б’є есесівцями Фаркашем. Тумом і Ригером, їх погнали назад в гору. Варто було кому-небудь захитатися або спіткнутися, як його пристреливали на місці. Після трьох таких «сходжень» нікого з цих офіцерів не залишилося в живих. У той же день працював у табірній картотеці французький військовополонений полковник Г. де Сен-Гаст за наказом гітлерівців викреслив всіх цих мучеників зі списків штрафної роти, зробивши проти кожного прізвища позначку: «Убитий при спробі до втечі».
Вбивали в цьому таборі і американських військовополонених. У грудні 1944 року старший лейтенант військово-морського флоту США Джек X. Тейлор, скинутий на парашуті в жовтні 1944 року на територію Австрії, був схоплений гітлерівцями і до смерті побитий гестапівцями, незважаючи на те що був у військовому обмундируванні. Зважаючи на наближення радянських військ Тейлор був перекинутий з віденської в’язниці в Маутхаузен, де, за його словами, панували «голодна смерть, побиття і вбивство». Принаймні два інших американських офіцера були знищені в газових камерах Маутхаузена. Тейлор і ще один американський офіцер теж були засуджені до смерті, але їм вдалося уникнути долі своїх товаришів по нещастю завдяки швидкому звільненню Маутхаузена 11-ї американської танковою дивізією.
В жовтні 1944 року в Маутхаузен був кинутий полковник Вітольд Моравський, старшина польської офлага IID в Гросборне. Разом з ним прибули майор Голубский, поручик Клоц і подхорунжий Шайбо — теж з офлага Гросборн. Полковник Моравський стояв на чолі широко розгалуженої підпільної організації і разом з групою своїх найближчих помічників був виданий вермахтом в руки гестапівців, а потім, після довгих поневірянь, відправлений в Маутхаузен. Приблизно в цей же час сюди було укладено кілька польських унтер-офіцерів, схоплених під час втечі. В кінці жовтня або початку листопада 1944 року всі вони були знищені і спалено в крематорії.
Майора Голубского і поручика Клоца виволокли з госпіталю на страту у важкому стані.
В лютому 1945 року в Маутхаузен були доставлені 14-15 членів англо-американської військової місії (в тому числі одна жінка) при югославської Народно-визвольної армії. Всі полонені були в національному військовому обмундируванні. В ході слідства» полонених жорстоко катували. Цим «наслідком» керували комісар Гамехен з РСХА і штандартенфюрер СС Гешко. З того часу в табірному лексиконі з’явився термін «тибетська молитва», під яким мався на увазі допит, поєднаний з тортурами. Всіх згаданих англо-американських офіцерів гітлерівці знищили.