Як і на території інших концтаборів, у Бухенвальді в 1941-1942 роках проводилося масове винищення «відібраних» в таборах для полонених офіцерів і солдатів Червоної Армії. Тут, у Бухенвальді, це робилося особливо підлим, підступним і жорстоким способом.
Перші транспорти з радянськими полоненими почали прибувати в Бухенвальд в жовтні 1941 року. Полонені перебували в стані крайнього виснаження. Як правило, всіх людей з таких транспортів знищували повністю. Жертви ці навіть не заносилися в списки в’язнів табору, а просто негайно розстрілювалися.
Однак скоро в есесівських колах вважали, що такого роду масові екзекуції, що проводилися на відкритій території і тому дуже швидко ставали відомими в таборі, не відповідають інтересам гітлерівського держави. Тому надалі було вирішено проводити екзекуції більш замасковано.
З цією метою використовували розташовану в стороні, за табірної огорожею, колишню стайню, яку перетворили в «лікувальний заклад». Але і в даному випадку була застосована улюблена гітлерівцями «методу» усипляння пильності жертв, щоб не допустити опору і бунту. Жертви вводилися в стайню вночі, там їх зустрічали музикою з репродукторів (грамзапис), полонені роздягалися догола і йшли на «медичний огляд» в одне з приміщень.
Першою «медичної» процедурою було вимірювання росту. Коли полонений ставав під ростомір, «лікар» давав знак, і тоді в стіні відкривали маленьке віконце, через яке кат стріляв у потилицю жертви (Genickschuss). Труп тут же швидко прибирали, вводили нового полоненого, і «огляд» тривав. З динаміків гриміла музика, одягнені в білі халати «лікарі» віддавали гучні розпорядження, викликали чергових «пацієнтів» по номерах і вели себе так, щоб не було чути пострілів.
Таким способом знищувалося по 20-150 «небажаних» полонених щодня. Оскільки подібна процедура при великих контингентах полонених була дуже тривалою, пізніше стали вводити в «кабінет лікаря» по 7-8 чоловік одночасно і вбивати їх тут всіх відразу — чергою з автомата. Однак залпи, що доносяться з закритою і освітленій стайні, стали викликати тривогу серед полонених. Гітлерівцям знову довелося «удосконалити» свої «методи роботи» — вони почали вбивати полонених з допомогою важких палиць.
Убитих відвозили на вантажівках в крематорій і там спалювали. Але на дорозі, що веде з стайні в крематорій, залишалися сліди крові, і це не могло не привернути уваги ув’язнених. Тому вбивці стали використовувати машини з кузовами, оббитими всередині цинком, — зразок машин м’ясокомбінатів. У дні особливого посилення ліквідаційної акції крематорії не встигали спалювати трупи, і тоді в їх підвалах накопичувалися величезні гори трупів, з-під яких… нерідко виповзали тяжкопоранені, ще живі бранці!
Їх добивали працюють в крематоріях «БВ» («Berufsverbrecher» — професійні злочинці з нашивками у вигляді зеленого трикутника). Про те, що творилося в момент розвантаження автомашин, привозивших свій вантаж — трупи людей з «стайні», розповів очевидець, політичний в’язень, німець:
«На мою думку, не всі солдати [радянські полонені] були мертвими, оскільки кожен раз, коли нацисти вивантажували в підвал повну машину, лунали тривалі крики і стогони: деякі розстріляні в момент удару об твердий цементну підлогу підвалу приходили до тями…»
Страти здійснювалися спеціальною командою есесівців («команда 99»), до складу якої входили гауптшарфюреры СС Тауфратсхофер і Шефер, обершарфюреры СС Бергер, Тальман, Бруно Міхаель і унтершарфюрер СС Кельн. Після кожної екзекуції есесівці отримували додаткові порції хліба, ковбаси, маргарину і горілки, а крім того, усі вони були нагороджені «Хрестами ” за військові заслуги».
За даними Міжнародного комітету Бухенвальда, число убитих в таких масових экзекуциях радянських військовополонених становить 7200 чоловік.
Радянські полонені, яких не ліквідували негайно після прибуття в табір, до самого моменту страти піддавалися різним тортурам. Наприклад, їх по багато годин тримали в холодні осінні дні 1941 року під відкритим небом — перед блоками в літньому обмундируванні. Деяких з них відбирали «на роботи». Відбір зводився до того, що призначені старостами блоків начальники робочих команд з середовища зеків-кримінальників обходили стояли рядами полонених і ударом шкіряного ременя виділяли тих, хто придатний до праці.