Перше помітне політичне відділення Трансоксании від Персії сталося, коли імперія Тимуридів розділилася на дві незалежні держави, Трансоксанию і Хорасан, якими правили нащадки Абу Са’пекла і Шейха Омара відповідно. Але тільки з завоюваннями сунітських узебков центральної Азії і об’єднанням Персії під правлінням шаха Ізмаїла Бухарське ханство і Хорасан стали окремими одне від одного. З самого початку головною проблемою політичних взаємовідносин між державою Сефевідів і Шейбанідів Трансоксании був контроль Хорасана. Ця проблема переважала і у відносинах між Бухарським ханством і Персією довгий час.
Шейбаниды захопили Хорасан в 1508 році, але незабаром здали його шаха Ізмаїла і намагалися завоювати його назад наступні двадцять п’ять років. Головною фігурою в цих спробах був Убайдуллах хан з Бухари, колишній спочатку правителем бухарського уділу, а після — великим ханом узбеків. Узбеки під командуванням хана Убайдуллаха нападали на Хорасан п’ять разів, і деколи їм вдавалося окупувати всю провінцію до самого Горгану на заході. Герат також був захоплений Убайдуллахом двічі, але вирішальна битва відбулася в провінції Бушир, і виграв його шах Тахмаш, після чого узбеки були змушені відступати перед ним щоразу, коли той разом з королівською армією відвойовував провінцію назад. Єдиним великим містом Хорасана, який змогли утримати узбеки, був Балх, яким правив губернатор Мохаммед Заман Мірза і який після захоплення став важливою для узбеків територією для подальших походів на Хорасан.
Найбільше релігійні відмінності торкнулися культурний обмін між державами. Анти-шиїтська пропаганда в Бухарі і анти-сунітська в Хорасані залишалися досить інтенсивними, і, незважаючи на те що вони слабо позначалися на політику між державами, вони впливали на індивідуальному емоційному рівні простих жителів. Полеміка в листуванні богословів Трансоксании і Персії цитується в деяких історичних працях і була досить популярною, судячи з кількості збережених манускриптів.
Сприйняття одне одного середньоазіатськими сунітами і перськими шиїтами підкріплювалося такими літературними кліше, як «невірні узбеки» і «злісний Кесельбаш». Циркуляція літературних творів у кожній державі все більше виключало книги, написані на «іншій стороні барикад», що підтверджують дослідження бібліотечних каталогів держав. Культурна ізоляція відбилася на Хорасані так само негативно, як і військові конфлікти.