Корветтен-капітан Шухарт почав свою службу в рейхсмаріне в 1929 році, спочатку в надводному флоті, на крейсерах — спершу на «Emden», потім на «Karlsruhe». Пізніше протягом двох років він служив на лінійному кораблі «Schleswig – Holstein». З 1936 р. Отто Шухарт перейшов в підводний флот. Напередодні Другої світової війни він вступив у командування підводним човном U-29 2.U флотилії Saltzwedel в Вильгельмсхафене. Першим помічником у нього був в майбутньому відомий ас – підводник Георг Лассен. U-29 у вересні 1939-го, оперуючи в Атлантиці на ближніх підступах до Англії, потопив 12 кораблів. 17.09.39 цей список поповнив «Courageous» (18600 т).
Підводний човен U-29 поверталася з позиції в базу. Приблизно в 18:00 командир Шухарт помітив дими наближаються кораблів противника. Незабаром з’ясувалося, що біля південно-західного узбережжя Ірландії шляху німецької субмарини перетнулися з авіаносцем «Courageous», який йшов в ескорті чотирьох есмінців.
В цьому поході U-29 вже домоглася бойових успіхів. Вона не стала першої результативної підводним човном крігсмаріне, поступаючись U-47 Пріна і U-48 Шульце, але 7 вересня і Шухарт знайшов свою мету, відкривши бойовий рахунок: він потопив танкер «Regent Tiger», 14 вересня без попередження U-29 потопив транспорт «British Influence»… Але ця і інші перемоги над цивільними судами, тепер же перед U-29 проходило бойове з’єднання, здатне відповісти ударом на удар. (Не відомо, чи знав Шухарт про загибель U-39 Глаттеса при невдалій атаці «Arc Royal»). Англійські кораблі проходили перед U-29 зі швидкістю 15 вузлів, а підводний човен залишалася простим спостерігачем їх маневрів. Швидкість і курс британської ескадри не дозволяли атакувати хоч з якими шансами на успіх.
Це переслідування тривало близько 2 годин і на U-29 було скинуто кілька десятків глибинних бомб. У пропагандистському матеріалі, виданому в Німеччині, зазначалося, що субмарина пішла, опустившись на максимально допустиму глибину 80 м, а англійські бомби рвалися вище. Є цілком обґрунтовані припущення, що тут наведена неточна цифра: німецькі підводники часто практикували занурення глибше допустимих меж, ухиляючись таким чином від глибинних бомб, встановлених на менші значення глибин.
Як би там не було, але U-29 пішла від переслідування. У Вильгельмсхафене човен вже чекали. Про успіх підводників повідомило англійське радіо. З нагоди прибув у Вільгельмсхафен Гітлер особисто команду вітав та вручав нагороди.
Це була перша видатна перемога підводних човнів в роки Другої світової війни, весь екіпаж субмарини після повернення був нагороджений Залізними хрестами другого класу, а командир Отто Шухарт відразу двома Залізними хрестами — першого і другого класів.
Протягом 1941 р. Шухарт викладав на 1-му факультеті морської академії (1 ULD), а з червня 1943 р. очолив 21-ю флотилію. Останні місяці війни він провів у Фленсбург-Мюрвике. Після війни деякий час Отто Шухарт залишався не при справах, але з 1955 р. продовжив службу в бундесмарине. В запас він пішов у 1967 р. у званні капітана-цурзее. Його човен U-29 зберігалася як навчальна всі роки війни і була затоплена у Фленсбурзі 4.05.45.